自1975年成立以来，本馆共举办了逾八十个专题展览，大部分是本馆人员的研究成果。展览题材十分广泛，包括「香港考古学五十年」、「活的历史─保护香港的历史建筑」、「港澳货币」、「本地华人传统婚礼」、「让他们活下去─保护濒于绝种的动植物」、「香港制造─香港外销产品设计史」、「香港偶戏」、「香港历史资料」、「陶瓷之路─竹篙湾出土文物」、「生存契机在环保」、「香港邮务一百五十年」等，这些展览，深入地探讨香港历史的不同面貌。此外，亦有不少是和国内或外国文博机构合办的大型专题展览；和国内合作的展览有「中国古人类」、「中国自然保护」、「中国恐龙」、「中国苗族服饰」、「天工开物─中国古代科技文物展」、「百年自强─近代中国的崛兴」等；和外国合办的展览包括「泰国历代陶瓷工艺」、「澳洲土着文化」、「印度乐器」、「马来西亚传统工艺」、「童幻世界」，以及和英联邦协会合办的「人类的故事」等。这些展览，促进了香港与内地及邻近国家的文化交流。
1990
海港今昔
童幻世界─劳伦斯
威尔金森珍藏美国玩具
童儿选粹─中国传统衣童服饰
香港历史资料 |
1991
陶瓷之路─竹篙湾出土文物
生存契机在环保
香港邮务一百五十年
香港历史─从新石器时代聚落到现代都市 |
1992
良渚文化珍品
罗衣百载─香港服饰演变 |
1993
百年树人─香港教育发展
岭南古越族出土文物展 |
1994
成功之路─香港经济奇迹
物竞天择─中国古生物化石展 |
1995
市影匠心─香港传统行业及工艺
三年零八个月 |
1996
南海海上交通贸易二千年 |
1997
香港的海上贸易与香港发展
河岳藏珍─中国古地图展 |
1998
天工开物─中国古代科技文物展
林则徐与鸦片战争 |
1999
靖海澄疆─香港海防博物馆预览
四环九约─香港历史图片展
百年自强─近代中国的崛兴
乐舞翩迁─圆舞曲大王史特劳斯
百年民生─市政局与香港的成长展览 (于香港大会堂展出) |
2000
薪火相传─香港教师变与不变的角色
香港文物纵览─历史博物馆藏品选萃 |
2001
四环九约─香港历史图片展
香港历史的新展示─历史篇及海防篇
万里长城－历代民族文化珍品展 |
2002
伴我成长四十年─香港大会堂回顾展 (于香港大会堂展出)
十八天战役─日军镜头下的香港图片展
香港点滴─回归五周年新增藏品展
回顾过去、展望未来 (于北京中华世纪坛展出)
战争与和平─秦汉文物精华展 |
2003
拿破仑大展
吾土吾情─香江文化传承(于香港中央图书馆展出)
中华人民共和国国旗、国徽、国歌展 (于香港大会堂展出)
香港广播七十五年
万众一心─香港史上疫症的抗争
孙中山与亲属─从翠亨到香港
学海无涯 － 近代中国留学生展 |
2004
秋猎怀远 ─ 承德避暑山庄文物大展
孙中山与近代中国
百载香江风情展 (于北京中国国家博物馆展出)
不朽印记：竹月堂古希腊钱币展
猎鹿与剽牛 － 云南古滇国文物展 |
2005
「孙中山与辛亥革命文物征集行动」精品展 |
2005
「孙中山与辛亥革命文物征集行动」精品展
香港陆上交通的演变（于地铁中环站展出）
「第六届校际邮集设计比赛」参赛作品展览
花都旧影：法国庞比度中心珍藏照片展
东方印象：钱纳利绘画展
文化清泉 ─ 香港达德学院历史展
东西汇流 － 粤港澳文物大展 |
2006
扬帆万里 － 郑和下西洋纪念展
足球展览
「儿童成长的足迹」展览
情怀香江 - 江启明素描画展
汉字密码 － 从甲骨文到电脑时代展
孙中山先生诞辰140周年展：伟人的艺术剪现
戏·游－香港舞台中国情 |
2007
戏·游－香港舞台中国情 (于香港大会堂展出)
礼乐之邦 － 河南夏商周文物展
香江文教发展五十年
中国考古新发现
皇仁书院·香港·中国 － 145年的历史与回忆 |
2008
从钱庄到现代银行－沪港银行业发展
天马神骏－中国马的艺术和文化 (2008年7月16日至2008年10月13日) |