馆藏的考古文物主要由四批藏品组成，分别是麦兆良神父在广东海丰地区发现的文物、芬戴礼神父在南丫岛发掘的文物、李郑屋汉墓出土的58件东汉时期陪葬品，以及1976年以前香港考古学会在本港境内发掘出土的文物。这些考古藏品记录过去六千年来香港地区的人类活动，是研究香港古代史的重要材料。

「香港故事」展区二：史前时期的香港

「香港故事」展区三：历代发展：从汉至清朝

自然历史藏品

民俗藏品

本地史藏品

藏品选萃