海防博物馆展出了香港历史博物馆的精选藏品共四百多件，另有超过二十件向国内及本港文博单位借展的珍贵文物，全部均与香港的海防历史有关。以下为部份本馆藏品的简介：

• 枪械
• 大炮
• 手提武器
• 纸本
• 军服及纺织品
• 其他藏品