堡垒是博物馆的主体建筑物，修复后以特制的帐篷覆盖。
堡垒分为上、下两层，下层为常设展览厅，陈列常设展览「香港海防六百年」；上层为专题展览厅，并设有儿童角，可让儿童自由创作，寓学习于游戏。
堡垒入口处另有礼品店，供游客选购书籍及纪念品。餐厅及洗手间则设于堡垒后方一幢新建筑物内，游客在参观展览后可在此稍作休息，一边享用美食，一边饱览维港景色。